Emilie, Tochter von Barbara und Drechslermeister Hermann Flöge, erlernt zunächst den Beruf einer Schneiderin, um später eine Modeschöpferin zu werden. Ihre erste Schneiderwerkstatt befindet sich in der Neubaugasse 7. Gemeinsam mit ihren Schwestern Helene und Pauline eröffnet sie 1904 in der Mariahilfer Straße 1b (über dem Café Casa Piccola von Lina Loos’ Vater) den Wiener Haute-Couture-Salon »Schwestern Flöge«. Der von Kolo Moser und Gustav Klimt – vom Mobiliar bis zu den Etiketten in Schwarz-Weiss – als Gesamtkunstwerk angelegte Salon wird zum führenden Modetreffpunkt der Wiener Gesellschaft. Für den Salon seiner Schwägerin Emilie Flöge (ihre Schwester Helene ist mit seinem Bruder Ernst verheiratet) entwirft Klimt auch jene »Reformkleider«, die Frauenrechtlerinnen der Zeit zum korsettfreien Tragen propagieren. Emilie selbst ist das beste Modell für diese Kreationen – wie die Fotografien von Madame d’Ora zeigen. Gleichzeitig nimmt sie von Kolo Moser und Kollegen entworfene Schmuckstücke wie Broschen, Ohrgehänge, Gürtelschließen, Hutnadeln, Schirmgriffe ins Sortiment. In Kombination mit den Reformkleidern attestiert dieser »Wiener Werkstätte«-Schmuck seinen Trägerinnen Unabhängigkeit und Fortschrittlichkeit. 

In Ihrer besten Zeit beschäftigen die Schwestern bis zu 80 Schneiderinnen. 1938 müssen sie ihren Modesalon schließen. Ab 1938 arbeitet Emilie Flöge in ihrer Wohnung im obersten Stockwerk der Ungargasse 39. In den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs verbrennen hier ihre Trachtensammlung und auch wertvolle Gegenstände aus dem Klimt-Nachlass. 

Gustav Klimt hat seine Muse Emilie ab 1891 oft gemalt und fotografiert. Auf seinem berühmtesten Gemälde »Der Kuss« stilisiert er sich selbst mit ihr als Liebespaar. Fuür die Spannung dieser Beziehung liefert der Zeitgenosse Sigmund Freud die damals völlig neue Erklärung der »Sublimierung« des (unterdrückten) Sexualtriebes, die kreative Höchstleistungen evoziert.